O Sistema de custeio da CAESAN é constituído por duas principais fontes:
- Associado, e
- Empresa mantenedora.

Parte do associado:

Constituída pelas seguintes modalidades:

- Associado da ativa: 3% per capita, mensal, sobre o salário - partes fixas (salário base, adicionais incorporados, anuênio, quinquênio);
- Associado aposentado: 4,5% per capita, sobre os proventos (Somatório de INSS + Suplementação PREVSAN);

A Parte da empresa: Corresponde a 2% sobre o total da folha de pagamento, creditado mensalmente.

Quando o associado da ativa por algum motivo se afasta temporariamente da SANEAGO, a disposição de algum órgão ou de licença por motivos particulares, fazendo a comunicação à CAESAN, continua com direito de permanecer filiado à CAESAN arcando portanto com as parcelas de contribuição que seriam da Mantenedora, efetuando seu pagamento via boleto, assim como os que forem desligados da SANEAGO por um período máximo de 24 (vinte e quatro) meses.